Le 26 février 2013, l’Anses signait son premier contrat d’objectifs et de performance (COP) pour la période 2012-2015. Ce contrat précise les priorités stratégiques de l’Agence et consolide ses missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence. Il fixe également des objectifs en termes d’efficience par une recherche d’optimisation des processus internes. Le transfert de nouvelles missions à l’Anses en 2015 et la perspective de nouvelles missions en 2016 amènent à adapter ses orientations stratégiques comme ses objectifs.
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